Mi opinión basada en la experiencia con mi Tiguan con techo panorámico (es idéntico al mk2) a los largo de casi 5 años es la siguiente:
La cortinilla no es opaca al 100%, al estar como perforada deja pasar la claridad, pero ni molesta el sol, ni hay más calor en el habitáculo que en un techo de chapa. Yo soy alto, rondo los 2 metros y soy además de poco pelo

y mi cogote no se ha quejado hasta ahora. No os preocupéis en buscar soluciones (al menos hasta que probéis como se porta en verano) a una cortinilla que funciona genial y no necesita remiendos.
Respecto a lo cierre manual del techo, creo que no es posible, o al menos no lo refleja el manual. No os preocupéis porque la batería "muera" no lo hará nunca de golpe, es más, desde que empiece a mostrar signos de desgaste (desactivación del star/stop, etc) hasta que muera del todo, puede pasar muuuucho tiempo. Con lo cual, lo lógico es que, en cuanto empiece a fallar la batería, cambiarla antes de que muera y pueda dejar el coche con el techo abierto, el portón cerrado etc..
Saludos